Средствата са били проследени до повече от 50 банкови сметки, се казва в съобщението.
Хуманитарни въпроси и министърът за намаляване на бедността Бета Еду първоначално беше отстранена през януари заради предполагаемото отклоняване на $640 000 публични пари в лична банкова сметка.
След това президентът Бола Тинубу нареди разследване в нейното служение.
По това време д-р Еду, на 37 г., отрече каквото и да било нарушение. Нейният офис каза, че е одобрила прехвърлянето в лична сметка, която не е на нейно име, но каза, че е за „прилагане на безвъзмездни средства за уязвими групи“.
Комисията за икономически и финансови престъпления (EFCC) заяви, че по време на близо шест седмици разследване досега е открила "много ъгли" за разглеждане.
" Сега проучваме над 50 банкови сметки, в които сме проследили парите. Това не е голяма работа“, каза нейният председател Ола Олукойе в последното издание на месечното електронно списание на агенцията, EFCC Alert. .
Той призова нигерийците, търсещи обезщетение, да дадат време на агенцията да приключи цялостно разследването си.
"Ние проучваме толкова много открития, на които се натъкнахме в нашето разследване. Ако става дума за това да виждаме хора в затвора, оставете ги да изчакат, всичко има процес, който трябва да се следва", каза той.
Председателят на EFCC даде уверение, че възстановените средства са "вече в хазната на федералното правителство".
Суспендирането на министър е рядко явление в Нигерия.
Още истории на BBC от Нигерия:
Кризата с отвличанията в Нигерия: Вътрешна история на преговарящ за откуп Родители на момичета Чибок с разбито сърце - отново Нигерия Разходите за живот: Хората се обръщат към ориз за „хвърли“ за храна