Учените казват, че USDA споделя твърде малко данни твърде бавно за грипа H5N1
Когато Министерството на земеделието на Съединени американски щати разгласи късно в неделя, че е разгласило обществено нови данни от своето следствие на зараза от птичи грип при говеда, учените нетърпеливо претърсиха добре известна платформа, употребена в международен мащаб за шерване на генетичните последователности на вируси.
Последователностите ги нямаше. Към вторник сутринта те към момента не са.
Изследователи, които желаят да проследят еволюцията и разпространяването на H5N1, споделят, че информацията, която е оповестена - сурови данни на сървър в Съединени американски щати - не е доста потребна и е всичко друго, само че не и транспарантна. Те също по този начин споделят, че публикуването на информация от държавното управление за огнището, което беше доказано при говеда преди съвсем месец, е мъчително постепенно.
След известието в неделя от USDA, доктор Рик Брайт, имунолог и откривател на ваксини, който управлява Biomedical Advanced Research and Development Authority от 2016 до 2020 година, сподели, че неотложно се е обадил на контактите си в базата данни, наречена Глобална самодейност за шерване на всички данни за грипа, или GISAID, с цел да се увери, че не е пропуснал нещо.
„ Казах „ Виж, просто ми кажи: Имаш ли данни? “ и те споделиха „ Не “, сподели Брайт.
След инспекция даже на части от базата данни, където хората могат да разгласяват груби чернови на последователности преди цялостното обществено обявяване, доктор Лукас Фрейтас, бразилски академик по данни, който е водещ на куратора на GISAID, удостовери, че няма нови последователности, оповестени от USDA след оповестяването му.
„ Няма да го пропуснем “, сподели Питър Богнер, създател и президент на GISAID. „ H5 е повода GISAID да се появи. Повдига антени.
Високопатогенният вариант на инфлуенца по птиците H5N1 унищожи популациите на птици по целия свят и през последните години се реалокира в възходящо многообразие от бозайници, което поражда угриженост, че е стъпка по-близо до това да се трансформира във вирус, който може да се популяризира дейно измежду хората.
Когато USDA удостовери, че H5N1 е бил открит в млечни крави в Тексас и Канзас на 25 март, новината накара специалистите по инфекциозни заболявания да бъдат нащрек и те бяха нетърпеливи да получат повече информация, с цел да видят по какъв начин вирусът се е трансформирал, с цел да се насочи към нов гостоприемник. Службата за ревизия на здравето на животните и растенията на USDA, или APHIS , споделя, че H5N1 към този момент е открит в 32 стада в осем щата.
Но изминаха седмици и малко данни за епидемията в Съединени американски щати бяха споделени с световната научна общественост.
В известието си, оповестено в неделя, APHIS съобщи, че е споделил 239 генетични последователности от огнището на H5N1 „ от наедрял рогат добитък, котки, пилета, скункс, миеща мечка, гракъл, кос и гъска “.
Агенцията сподели, че „ рутинно разгласява “ в GISAID, само че в полза на публичната бистрота и „ да подсигурява, че научната общественост има достъп до тази информация допустимо най-бързо … “ тя „ също по този начин бързо споделя “ последователности в американска база данни, поддържана от Национална библиотека по медицина.
Съобщението подсказа на доста учени, че информацията ще бъде открита в GISAID, който е сериозен за следене на еволюцията на вируса, който предизвиква Covid-19, до момента в който се движи по света. Много страни, в това число Съединените щати, употребяват GISAID за бързо шерване на генетични последователности - точният ред на четири химически градивни блока, които построяват проектите на всеки вирус.
Вместо това USDA качи необработени данни за секвениране, наречени FASTQ файлове, в базата данни на Националната библиотека по медицина, която е налична за обществеността. Тези FASTQ файлове обаче нямат сериозната информация, нужна, с цел да оказват помощ на учените да проследят еволюцията на вируса, като точната дата, на която е взета тестът и от какво положение е пристигнала.
Учените в действителност употребяват необработени данни, когато наблюдават еволюцията на вируса, само че също по този начин нормално ги употребяват дружно с вида информация, която нормално се разгласява в GISAID: консенсусни последователности, известни като FASTA файлове, които са прецизирани и изчистени от болест и неточности. Консенсусните последователности нормално дават повече информация за това къде е взета тестът и по кое време, помагайки на откривателите да схванат по-добре по какъв начин вирусът се трансформира с времето.
Изследователите споделят, че не е ясно какъв брой неотдавна са взети пробите, които са в основата на необработените данни. Единствените оповестени дати споделят „ 2024 година “, а местоположенията са посочени единствено като „ Съединени американски щати “. Няма информация по какъв начин са получени пробите - дали идват от тампони от респираторния тракт на животно, неговата кожа, или някъде другаде.
В отговор на изпратени по имейл въпроси от CNN, Shilo Weir, експерт по връзки с обществеността към USDA, сподели, че организацията е разгласила необработените данни на сървъра на Съединени американски щати в полза на бързината и сподели, че организацията ще работи бързо, с цел да изпрати курирани последователности на GISAID.
„ APHIS нормално разгласява подбрани данни за последователности в платформата GISAID. Въпреки това, с цел да направи данните за последователностите обществени допустимо най-скоро, APHIS качи тези неанализирани файлове с данни за последователностите в NCBI “, написа Weir в отговора по имейл.
„ Тези последователности няма да бъдат курирани преди издание, само че този метод ще ни разреши най-бързия път за издание на информация за последователности. APHIS ще продължи да работи допустимо най-бързо, с цел да разгласява в GISAID подбрани файлове, които включват и проучват подобаваща епидемиологична информация дружно с данните за последователността “, сподели Weir.
Също по този начин не е ясно дали последната версия показва всички геноми, които организацията има.
Д-р Майкъл Воробей, професор по екология и еволюционна биология в Университета на Аризона, сподели, че USDA прави неточност, като не споделя цялата информация, с която разполага, допустимо най-бързо.
„ Има цяла общественост по света от хора като мен и моите сътрудници, които имат доста опит с това и постоянно могат да видят неща или да създадат разбори, които може да покажат нещо, което другите са пропуснали “, сподели Воробей.
„ Вие не желаете всъщност една група да бъде единствената, която преглежда данните. Искате всички, всички специалисти по света да могат да вършат това “, добави Воробей.
Д-р Том Ингълсби, който управлява Центъра за здравна сигурност на Джон Хопкинс към Училището по публично здраве на Блумбърг, сподели, че общественото обявяване на необработените данни от USDA е стъпка в вярната посока, само че не е стигнала задоволително надалеч.
„ Допълнителната информация би била много потребна за обществеността и за учените и организациите за публично опазване на здравето, изследователските организации, с цел да схванат всички данни, които са били събрани до момента, какви ферми са били тествани, по кое време са
