Учените казват, че USDA споделя твърде малко данни твърде бавно за грипа H5N1
Когато Министерството на земеделието на САЩ обяви късно в неделя, че е публикувало публично нови данни от своето разследване на епидемия от птичи грип при говеда, учените нетърпеливо претърсиха добре известна платформа, използвана в световен мащаб за споделяне на генетичните последователности на вируси.
Последователностите ги нямаше. Към вторник сутринта те все още не са.
Изследователи, които искат да проследят еволюцията и разпространението на H5N1, казват, че информацията, която е публикувана - сурови данни на сървър в САЩ - не е много полезна и е всичко друго, но не и прозрачна. Те също така казват, че публикуването на информация от правителството за огнището, което беше потвърдено при говеда преди почти месец, е болезнено бавно.
След съобщението в неделя от USDA, д-р Рик Брайт, имунолог и изследовател на ваксини, който ръководи Biomedical Advanced Research and Development Authority от 2016 до 2020 г., каза, че незабавно се е обадил на контактите си в базата данни, наречена Глобална инициатива за споделяне на всички данни за грипа, или GISAID, за да се увери, че не е пропуснал нещо.
„Казах „Виж, просто ми кажи: Имаш ли данни?“ и те казаха „Не“, каза Брайт.
След проверка дори на части от базата данни, където хората могат да публикуват груби чернови на последователности преди пълното публично оповестяване, д-р Лукас Фрейтас, бразилски учен по данни, който е водещ на куратора на GISAID, потвърди, че няма нови последователности, публикувани от USDA след обявяването му .
„Няма да го пропуснем“, каза Питър Богнер, основател и президент на GISAID. „H5 е причината GISAID да се появи. Повдига антени.
Високопатогенният щам на инфлуенца по птиците H5N1 унищожи популациите на птици по целия свят и през последните години се премести в нарастващо разнообразие от бозайници, което поражда загриженост, че е стъпка по-близо до това да се превърне във вирус, който може да се разпространява ефективно сред хората.
Когато USDA потвърди, че H5N1 е бил открит в млечни крави в Тексас и Канзас на 25 март, новината накара експертите по инфекциозни болести да бъдат нащрек и те бяха нетърпеливи да получат повече информация, за да видят как вирусът се е променил, за да се насочи към нов гостоприемник. Службата за инспекция на здравето на животните и растенията на USDA, или APHIS, казва, че H5N1 вече е открит в 32 стада в осем щата.
Но изминаха седмици и малко данни за епидемията в САЩ бяха споделени с глобалната научна общност.
В известието си, публикувано в неделя, APHIS заяви, че е споделил 239 генетични последователности от огнището на H5N1 „от едър рогат добитък, котки, пилета, скункс, миеща мечка, гракъл, кос и гъска“.
Агенцията каза, че „рутинно публикува“ в GISAID, но в интерес на обществената прозрачност и „да гарантира, че научната общност има достъп до тази информация възможно най-бързо …“ тя „също така бързо споделя“ последователности в американска база данни, поддържана от Национална библиотека по медицина.
Съобщението подсказа на много учени, че информацията ще бъде намерена в GISAID, който е критичен за проследяване на еволюцията на вируса, който причинява Covid-19, докато се движи по света. Много страни, включително Съединените щати, използват GISAID за бързо споделяне на генетични последователности - точният ред на четири химически градивни блока, които изграждат плановете на всеки вирус.
Вместо това USDA качи необработени данни за секвениране, наречени FASTQ файлове, в базата данни на Националната библиотека по медицина, която е достъпна за обществеността. Тези FASTQ файлове обаче нямат критичната информация, необходима, за да помогнат на учените да проследят еволюцията на вируса, като точната дата, на която е взета пробата и от какво състояние е дошла.
Учените наистина използват необработени данни, когато проследяват еволюцията на вируса, но също така обикновено ги използват заедно с типа информация, която обикновено се публикува в GISAID: консенсусни последователности, известни като FASTA файлове, които са прецизирани и изчистени от зараза и грешки. Консенсусните последователности обикновено дават повече информация за това къде е взета пробата и кога, помагайки на изследователите да разберат по-добре как вирусът се променя с времето.
Изследователите казват, че не е ясно колко наскоро са взети пробите, които са в основата на необработените данни. Единствените публикувани дати казват „2024 г.“, а местоположенията са посочени само като „САЩ“. Няма информация как са получени пробите - дали идват от тампони от респираторния тракт на животно, неговатакожа, или някъде другаде.
В отговор на изпратени по имейл въпроси от CNN, Shilo Weir, специалист по връзки с обществеността към USDA, каза, че агенцията е публикувала необработените данни на сървъра на САЩ в интерес на бързината и каза, че агенцията ще работи бързо, за да изпрати курирани последователности на GISAID.
„APHIS обикновено публикува подбрани данни за последователности в платформата GISAID. Въпреки това, за да направи данните за последователностите публични възможно най-скоро, APHIS качи тези неанализирани файлове с данни за последователностите в NCBI“, пише Weir в отговора по имейл.
„Тези последователности няма да бъдат курирани преди публикуване, но този подход ще ни позволи най-бързия път за публикуване на информация за последователности. APHIS ще продължи да работи възможно най-бързо, за да публикува в GISAID подбрани файлове, които включват и анализират подходяща епидемиологична информация заедно с данните за последователността“, каза Weir.
Също така не е ясно дали последната версия представя всички геноми, които агенцията има.
Д-р Майкъл Воробей, професор по екология и еволюционна биология в Университета на Аризона, каза, че USDA прави грешка, като не споделя цялата информация, с която разполага, възможно най-бързо.
„Има цяла общност по света от хора като мен и моите колеги, които имат много опит с това и често могат да видят неща или да направят анализи, които може да покажат нещо, което другите са пропуснали“, каза Воробей.
„Вие не искате по същество една група да бъде единствената, която разглежда данните. Искате всички, всички експерти по света да могат да правят това“, добави Воробей.
Д-р Том Ингълсби, който ръководи Центъра за здравна сигурност на Джон Хопкинс към Училището по обществено здраве на Блумбърг, каза, че публичното оповестяване на необработените данни от USDA е стъпка в правилната посока, но не е стигнала достатъчно далеч.
„Допълнителната информация би била доста полезна за обществеността и за учените и агенциите за обществено здравеопазване, изследователските организации, за да разберат всички данни, които са били събрани досега, какви ферми са били тествани, кога са
